Zarządzeniem Ministra Zdrowia i Opieki Społecznej z dnia 2 stycznia 1996r. utworzony został Szpital Kliniczny Nr 6 – Górnośląskie Centrum Zdrowia Dziecka i Matki.
Na podstawie Zarządzenia Ministra Zdrowia i Opieki Społecznej nr 3631/98 z dnia 13 grudnia 1998r. Szpital został przekształcony w Samodzielny Publiczny Szpital Kliniczny Nr 6 Górnośląskie Centrum Zdrowia Dziecka i Matki. Zarządzeniem Ministra Zdrowia i Opieki Społecznej nr 6/99 z dnia 9 kwietnia 1999r. tut. Placówka przyjęła nazwę Samodzielny Publiczny Szpitala Kliniczny Nr 6 Śląskiej Akademii Medycznej w Katowicach Górnośląskie Centrum Zdrowia Dziecka i Matki.
W ostatnich latach Szpital funkcjonował pod nazwą: Samodzielny Publiczny Szpital Kliniczny Nr 6 Śląskiego Uniwersytetu Medycznego w Katowicach Górnośląskie Centrum Zdrowia Dziecka im. Jana Pawła II.
W dniu 09.07.2018 r. Sąd Rejonowy Katowice-Wschód w Katowicach VIII Wydział Gospodarczy - KRS dokonał wpisu zmiany Statutu w tym dotyczącej zmiany nazwy Szpitala, która otrzymała następujące brzmienie: Górnośląskie Centrum Zdrowia Dziecka im. św. Jana Pawła II Samodzielny Publiczny Szpital Kliniczny Nr 6 Śląskiego Uniwersytetu Medycznego w Katowicach.